薄叶黄芩，多年生草本，高约35cm。茎直立，四棱形，具沟沿棱上被贴生很短的小柔 毛。叶对生；叶柄极短；叶片较薄，披针形或三角状披针形，长1.7-3.3cm，宽3-6mm，先端钝，其部不明显浅心形或近截形，上面无毛或散布微糙毛，下面仅在脉上及叶缘被贴生很短的小柔毛，余部有分散细粒状腺体。花单生于茎中部以上的叶腋内，偏向一侧；花萼花时长约4mm，外面密被短柔行，盾片很小，果时花萼长约6mm；花冠紫色，外被短柔毛，冠筒基部宽约1.5mm，至喉部达8mm，冠檐二唇形，上唇灰状，先端微缺，下唇中裂片近扁圆形；雄蕊4，均内藏；花柱细长，扁平，花盘环状，子房4裂，裂片等大。小坚果黄褐色，卵球形，具瘤状突起，腹面基部具果脐。