元代由于民族矛盾比较尖锐，蒙古统治者限制民间习武，不少武术家隐姓埋名，习武组织也转为秘密性的民间组织，使武术发展受到极大的抑制。

明代是我国武术全面大发展的时代。不同风格、不同流派的拳派林立，仅抗倭名将戚继光的《纪效新书》中就记载“宋太祖三十二势长拳，绵张短打，温家七十二行拳，三十六合锁，山东李半天之腿，鹰爪王之拿，千跌张之跌，张伯敬之打……

共十六家拳法。”真是大有百家争鸣之势，而且拳名皆以擅长者姓氏命名。明代武术的大发展与明太祖先元璋重视文武全才的思想分不开。他主张“武官习礼仪，文人学骑射”。这样，明代不但拳法众多，而且器械套路也更加丰富多彩，开始有势有法，有拳谱歌诀。这说明脱胎于军事格斗技术的武术，到明代已逐步形成以套路为主的运动形式，并远远超过对抗性运动的发展。

以往的武术技巧多靠口传身授，以文献形式保留者甚少。由于明代的文武全才之风，使武术家著书立说达到鼎盛，而且图文并茂，保留了珍贵的武学遗产，为后世研究武术提供了重要依据。据统计，除戚继光的《纪效新书》外，重要的专著还有唐顺之的《武编》、俞大猷的《正气堂集》、郑若曾的《江南经略》、程宗猷的《耕余剩技》、何良臣的《阵记》、茅元仪的《武备志》、吴朵的《手臂录》等。

清朝统治时期由于满清贵族为维持自己的统治地位，一度限制练武，所以清代的武术活动不如明代。但由于武术在民间已有广泛群众基础，加之当时存在许多反清复明组织，人民群众习武练功以图推翻满清统治之风反而使各种流派的武术更加纷呈于世。以地区分有南派、北派，以山川分有少林派、武当派，以宗教分有佛家的外功、道家的内功，以门类分有太极门、形意门、八卦门、迷踪门，还有长拳类和短打类。武术流派林立，象征着武术事业的兴旺发达。但也存在各派之间缺乏交流不能相互弥补长短的不足。